學校擁有第一附屬醫院、附屬省立醫院、附屬合肥市第一人民醫院、附屬口腔醫院、第四臨床學院（合肥市第二人民醫院）、第五臨床學院（六安市人民醫院）、第六臨床學院（巢湖市第一人民醫院）、杭州臨床學院（杭州市第三人民醫院）、解放軍八一臨床學院（中國人民解放軍第81醫院）、解放軍臨床學院（解放軍第105醫院）、精神衛生臨床學院（合肥市第四人民醫院）、婦幼保健臨床學院（合肥市婦幼保健院）、解放軍八一臨床學院（中國人民解放軍第81醫院）、滁州臨床學院（滁州市第一人民醫院）、山東皮膚病臨床學院、上海皮膚病性病臨床學院、合肥口腔臨床學院（合肥市口腔醫院）、兒科臨床學院（省立兒童醫院）、宿州臨床學院（宿州市人民醫院）、解放軍306臨床學院（北京中國人民解放軍第306醫院）、解放軍307臨床學院（北京中國人民解放軍第307醫院）、空軍臨床學院（北京中國人民解放軍空軍總院）、北京軍區總醫院臨床學院（北京中國人民解放軍軍區總院）、新疆臨床學院（新疆維吾爾自治區人民醫院）、附屬安慶醫院等30餘家臨床教學實習醫院；擁有合肥市疾病控制中心等預防醫學、衛生管理及其他專業實踐教學基地40餘家；分佈於本省各市及北京、上海、江蘇、山東、浙江、廣東等省市。